FJR1300は2001年に発売されました。前モデルのFJ1200をフルモデルチェンジした完全別モデルです。ロングツーリングに適した大きなカウルとスクリーン、全身シルバーやダークオレンジ（一見するブラウン）の大柄な車体は、BMWの車両かと思うほどです。
開発コンセプトは「タンデムライドで10日間 3,000km の走行を快適に行える高次元な走行性を有する、世界最高水準の欧州縦断ツアラー」で、ロングツーリングの本場ヨーロッパをメインターゲットにしています。
エンジンは水冷４ストロークDOHC4気筒16バルブ、143.5馬力と13.7kgf-m の最大トルクで高い走行性能を発揮します。またロングツーリングには嬉しい装備であるシャフトドライブ、スクリーンは電動の可動式で、走行中でもハンドルスイッチで最大130ミリの調整が可能です。この大型スクリーンを見れば、「どこにでも行けそうだ、いくらでも走れそうだ」と思わされます。
また、バイクでは珍しく、ハンドルとシートにもポジションのアジャスト機構を装備しているので、ライダーの体格や好みに合わせたライディングポジションが選択できます。ABS も標準装備し、パニアケース装着を前提に設計されたリアフレームなど、ツアラーとして至れり尽くせりの装備がされています。
FJR1300は、2001年から2013年までの間に車種が増やされ、ABSを搭載したFJR1300Aと、さらにクラッチ操作不要のシフトを可能としたFJR1300ASが発売されています。
ネイキッドのXJR300は国内がメイン市場でFJRとは方向性がかなり違いますが、両者ともヤマハらしい堅実なバイク作りで、世界各国で多くのライダーから支持と賞賛を受けています。2015年まで世界で10万台を販売しました。
ライバルは、ホンダのゴールドウィング、カワサキの1400GTR、BMWのK1600GTLなどです。
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解説記事更新日：2021年05月01日

2001年にヤマハから発売されたFJR1300の初期モデル。
先代にはFJ1200を持ち、ヤマハの大型スポーツツアラーとして登場した本車。エンジンには水冷4ストロークDOHC4気筒を採用、ボアストロークは同社のXJR1300より3㎜ストロークが長い79.0×66.2㎜、最高出力は143.5PS/8,000rpmを発揮し全回転域でトルクフルな出力特性は多くのユーザーから支持された。
スクリーンは角度と高さの電動調節を可能、燃料タンクは25Lの大容量になるなど長距離ツーリングを考慮されていた。
カラーバリエーションにはディープパープリッシュブルーメタリック、シルバーメタリック、ブラックの3色を設定。
新車販売価格は138万円だった。
2002年にはフロントフェンダーの形状変更に加えてパニアケース標準装備のPタイプが追加。
カラーバリエーションにはシルバーメタリック、ディープパープリッシュブルーメタリック、ダルレッドメタリックの3色を設定。
2003年にはABSを搭載したAタイプが追加。また、フロントディスクのサイズ変更やスクリーンの大型化、盗難防止イモビライザーの搭載、アンダーカウルの形状変更、スピードメーカーのデザイン変更などが行われた。
カラーバリエーションにはブルーイッシュシルバー4、ダークパープリッシュブルーメタリックL、ブルーイッシュグレーメタリック3の3色を設定した。
ライバル車にはカワサキのZZRやスズキのハヤブサが同ジャンルにあたり、国内においてはライバル車の2台の知名度が圧倒的に高かったためマイナーなイメージがあるが、海外においては人気が高く発売時も注目を集めた。
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解説記事更新日：2021年09月21日

2003年モデルから仕様変更はなく発売された2004年モデルのFJR1300。
カラーバリエーションも先代から引き続きブルーイッシュシルバー4、ダークパープリッシュブルーメタリックL、ブルーイッシュグレーメタリック3の3色を設定。
国内では単にツアラーモデルと呼ばれることが多い本車だが、海外では走行性の高さからスーパースポーツツアラーモデルと呼ばれており、海外でのFJRの人気が窺えるエピソードだ。
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解説記事更新日：2021年09月21日

マイナーモデルチェンジを受けて発売された2005年モデルのFJR1300。
仕様変更点はヘッドライトのハーネスの形状変更のみだった。
カラーバリエーションにはブルーイッシュシルバー4、ダークパープリッシュブルーメタリックL、シルバーメタリック1ツートンの3色を設定。
翌2006年にはフルモデルチェンジを受けてスタンダードモデルが廃止となり、代わりに上位モデルだったABS搭載のFJr1300Aがメインモデルとして売り出されることとなる。
ヤマハが作り上げたヨーロピアンツアラーであるFJR1300の特筆すべき点はやはりロングツーリングでの快適性だろう。大容量の燃料タンクや、高速走行の際もライダーへの風圧はごく僅かなものとなる大きめのアジャスト可能なスクリーン、そして欧州向けとして現地の高速走行(200km/h〜)を前提に考慮した設計であるからして国内の公道を走るためであれば十分すぎると言っても良いだろう。
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解説記事更新日：2021年09月26日