1980年代の国内バイクシーンはレーサーレプリカが人気を博しており熾烈なスペック争いが繰り広げられていた。その80年代終わりにカワサキが世に送り込んだのが「ゼファー」である。
外観デザインは、カウルレスのオーソドックスなオートバイという風貌で当時のブームとは趣が違ったマシンだった。デビューモデルは1989年4月に発売された。
車体は、スチール製のダブルクレードル型フレームにDOHC2バルブの空冷4ストローク直列4気筒エンジンを搭載。ボア・ストロークは55mm×42mmの399ccで、デビュー時の最高出力は11,000回転で46馬力というスペックだった。このエンジンは「GPz400F」がベースになっている。ちなみに当時は国内オートバイメーカの自主規制で400ccクラスの出力は59馬力がMAXとされていた時代で、46馬力という「ゼファー」のスペックは見劣りするものだった。トランスミッションは6速リターン式を採用。
足回りは、フロントに39mm径のインナーチューブを採用した正立フォークに5本スポークの17インチホイールと300mm径のダブルディスクブレークを組みあわせる。リアはスイングアームにツインショックを装備し、フロントと同デザインの18インチホイールに240mmのシングルディスクブレーキという仕様。
時代錯誤とも感じさせるスペックとスタイリングで登場した本モデルだが、たちまち大ヒットモデルとなり90年代初頭からのネイキッドブームの火付け役となった。
1993年にはライバルモデルとなるヤマハの「XJR400」がデビュー。同じく空冷4ストローク直列4気筒エンジンとを搭載していたが、4バルブ仕様で最高出力は53馬力を発揮した。さらに同クラスのネイキッドとしては水冷エンジンだが「XJR400」より一足早く92年にホンダが「CB400 スーパーフォア」を展開していた。こちらも4バルブエンジンで53馬力仕様だ。そしてスズキは後発となったが94年に53馬力の水冷エンジンを搭載した「GSX400 インパルス」を展開。国内メーカーから400㏄ネイキッドが出揃う中、「ゼファー」は2バルブエンジンで非力な仕様だったが、そのバイクらしいスタイリングが好評だったとこと、そしてカスタムパーツの豊富さやカワサキの往年の名車「Z」シリーズを懐古させるルックスが多くのライダーの心を掴み人気モデルとなっていた。
なお、デビュー以降の「ゼファー」は、細かな仕様変更やカラーチェンジは実施されたものメカニカル機構の基本コンポーネントは変わらず1995年モデルまで設定された。
その後、4バルブエンジン搭載の「ゼファーχ」へと進化した。

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解説記事更新日：2022年03月27日

1989年登場モデルの特徴は以下の通り。
・ゼファー400初代モデル
・「オートバイらしさとは」という角度からデザインされたスタンダードスタイル
・エンジンは「GPz400系」がベースの空冷4気筒DOHC2バルブエンジンを搭載し、最高出力46psを発揮する高性能マシン
・その他シンプルな異径の2眼式メーターを装備、タンクエンブレムはステッカーが採用されている
・カラーは「キャンディアトランティックブルー」と「キャンディカーディナルレッド」の2色ラインナップ

解説記事更新日：2021年10月03日

1990年モデルの変更点は以下の通り。
・性能、カラーラインナップに変更なし
・シートの材質が変更され、燃料タンクのエンブレムが立体的なデザインに変更された
・価格は変更なし

解説記事更新日：2021年10月03日

1991年モデルの変更点は以下の通り。
・カラーは「キャンディアトランティックブルー」と新色「ルミナスビンテージレッド」の2色ラインナップ (キャンディカーディナルレッドはカタログ落ち)
・タコメーター内に燃料計が装備され、従来モデルのシンプルな異径の2眼式メーターから、メッキカバー付砲弾タイプの同径二眼式メーターに変更された
・その他常時点灯式のヘッドライト装備、ウィンカーケースの形状変更、ハザード機能の廃止などの変更点がある
・価格は変更なし

解説記事更新日：2021年10月03日

1992年モデルの変更点は以下の通り。
・カラー変更を行い、「ルミナスビンテージレッド」と新色「パールグリーニッシュブラック」の2色ラインナップになる (キャンディアトランティックブルーはカタログ落ち)
・ステッカーだったサイドカバーの「KAWASAKI」エンブレムが立体タイプに変更
・価格は変更なし

解説記事更新日：2021年10月03日

1993年モデルの変更点は以下の通り。
・MFバッテリーや外付けタイプのヘルメットロックを新採用、シート下には純正サイクルU字ロックの収納スペースが確保された
・新色「パールパープリッシュブラックマイカ」を採用し、ルミナスビンテージレッドとの2色ラインナップになる (パールグリーニッシュブラックはカタログ落ち)
・足回りを中心にフロントブレーキディスクの形状変更・ブレーキフルード品質向上・1ポッドリアブレーキキャリパーへの変更・フロントフォークのセッティング変更、ハザードランプの復活など各部の見直しが行われた
・価格は変更なし

解説記事更新日：2021年10月03日

1994年モデルの変更点は以下の通り。
・前年モデルから特段変更はなく、マーケットコードのみ変更が行われた
・1993年モデル (ZR400-C5) → 1994年モデル (ZR400-C6)
・価格も変更なし

解説記事更新日：2021年10月03日

1995年モデルの変更点は以下の通り。
・2バルブエンジン搭載の最終モデル
・カラーラインナップに新色の「メタリックソニックブルー」が追加され、継続販売のパールパープリッシュブラックマイカ、ルミナスビンテージレッドと併せた3色ラインナップとなる
・その他性能、装備、価格等は変更なし
・1996年より、継続モデルの「ゼファーX(カイ)」へと引き継がれる

解説記事更新日：2021年10月03日