空冷最速ネイキッドを目指して開発された「XJR400」は、カワサキ「ゼファー」やホンダ「CB400スーパーフォア」といったライバルモデルの中では優れた走行性能を備えたネイキッドマシンとしての地位を確立していた。
その「XJR400」の上級グレードとして1995年2月に展開されたのが、本モデル4HM型「XJR400R」である。
ダブルクレードル型フレームに搭載するエンジンは、空冷DOHC4バルブ並列4気筒ユニットH501E型だ。最高出力は、11,000回転で53馬力を発揮。トランスミッションは6速リターン式を採用。乾燥重量178kgとなる。兼ねてからのライバルモデルであるカワサキ「ゼファー」は、1996年3月にDOHC4バルブエンジンを搭載した「ゼファーχ」を発売。搭載する空冷ユニットは11,000回転で53馬力を発揮。乾燥重量は185kgで7kg重かった。
なお「XJR400」には、既に上級グレードとして「XJR400S」が1994年に展開されていた。リアサスペンションにオーリンズ製ショックを装備した豪華バージョンだが、本モデルはオーリンズ製リアサスペンションに加えてフロントの足元にブレンボ製のブレーキキャリパーをセットするという、さらに豪華なスペックとなっている。
ホイールサイズは、前後17インチで変更はない。
デビュー翌年には、フロントにゼッケンカウルと角型ヘッドライトを装着した「XJR400RⅡ」を展開。メーターは軽量コンパクトなデジタル仕様を採用することでハンドリング特性が向上している。さらにシート素材を変更してオリジナルの衝撃吸収材「ワイラックス」を採用。乗り心地性能のアップと共にシート高が10mm低い760mmとなった。
以降は、カラーチェンジと仕様変更を繰り返しながら2001年モデルで型式変更を伴うマイナーチェンジを実施。第2世代のRH02J型へと進化。その後も各部のアップデートを図りながら展開していくものの当時の排ガス規制に阻まれる形で、2007年モデルを最後に生産終了となった。

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解説記事更新日：2022年06月27日

XJR400Rは、1995年から製造販売されました。既にXJR400が販売されており、その上級モデルとして発売された形です。どちらも、1980年代に販売されていたXJ400によく似たスタイリングですが、現代のメカを搭載しています。XJR400Rではオーリンズ（ヤマリンズ）のリアサス、ブレンボ製のブレーキキャリパーが装着されています。
エンジンは空冷並列DOHC16バルブ4気筒にオイルクーラーを装着、ヤマハらしいスタイリッシュなボディに砲弾型メーター、丸ヘッドライト、角形ミラー、ややボリュームのあるリアカウルなど、XJ400、上位モデルのXJR1300などと共通したデザインモチーフが感じられます。
カラーリングは、《ブルーイッシュホワイトカクテル1》《ブラック2》《ニューシルバーダスト》のそれぞれ単色です。
1995年、既に大型二輪免許が教習所で所得できるようになっており、バイクの人気は大型に移行しつつありました。しかし小柄で扱いやすいXJRは教習車としても使われていたため、普通二輪免許取得後もXJRを選ぶライダーは多くいました。

解説記事更新日：2021年10月08日

1996年、XJR400Rはマイナーチェンジを受け、ヘッドライトを薄型にしてビキニカウルをつけたXJR400Ⅱが併発されました。
他の特徴は、メーターを軽量なデジタルにしたことでハンドリング特性の向上、ヤマハが開発した衝撃吸収材「ワイラックス」を使用したシートです。
カラーリングは、《ビビッドレッドカクテル1》《ブルーイッシュホワイトカクテル1》《ブラック2》の3種類です。ホイールはブラックですが、車体色がホワイトの場合はホイールもホワイトです。
これでXJR400シリーズの車種構成は3種類となりました。ただしⅡの販売台数はあまり多くなく、現在ではレア車となっています。もともとXJRシリーズはネイキッドですから、そこにデジタルメーターを持ってきても、雰囲気が合わなかったのかもしれません。

解説記事更新日：2021年10月08日

1998年、XJR400Rはマイナーチェンジを受けました。
・ガソリンタンク容量が18リットルから20リットルに変更
・エンジン塗装がそれまでのブラックからシルバーに変更
カラーリングは、《シルバーメタリック１》《ビビッドレッドカクテル７》《ダークグリニッシュブルーメタリックＣ》の3種類です。
ガソリンタンク容量が増えたためタンクの背が高く盛り上がった形となり、全体的に迫力が増したスタイリングとなりました。大型バイクはシートとタンクの段差が大きくなりますが、それに近づいた外観です。普通二輪のエントリーモデルとして、ヤマハファンをはじめ堅実なバイク作りが評価されていると言えます。

解説記事更新日：2021年10月08日

1999年、XJR400Rはカラーリングの変更を受けました。《シルバーメタリック１》《ブラック2》《ダークグリニッシュブルーメタリックＣ》の3種類です。
車体色ブラックでは、エンジン、エキパイ、マフラーもブラックとなり、フロントブレーキキャリパー、タンクのメーカーエンブレム、リアサスのゴールドを除くとブラック一色です。1980年代、ヤマハは同じようなブラックとゴールドの配色で「ミッドナイトスペシャル」というシリーズを販売していました。そのイメージを彷彿とさせます。
XJR400Rは「ヤマハが真面目に作った400ccネイキッド」という評価で、普通二輪のエントリーモデルとして、ヤマハファンをはじめ、安心して乗れ、またスポーツ走行もできるモデルとして堅実なバイク作りが受け入れられています。前年にタンク容量が増えて航続距離が長くなり、スタイリングも迫力が出たことで、さらに人気が出たと言えます。

解説記事更新日：2021年10月08日

2000年、XJR400Rはカラーリングの変更を受けて《ホワイト》が追加されました。またボディカラーとエキパイ・マフラーカラーがセットとなり、《シルバーメタリック１》のみエキパイ・マフラーがシルバーで、《ブラック2》《ホワイト》ではいずれもブラック塗装です。

解説記事更新日：2021年10月08日

2001年、XJR400Rはマイナーチェンジを受け、250か所以上が改良されました。
・樹脂製ピストンを採用したBSRキャブレター採用
・軽量化したリアホイール
・新設計スイングアーム
・前後ラジアルタイヤ採用
・2次エア導入装置でクリーンな排出ガスを実現
・マフラーをメガホンからサイレンサータイプへ変更
・シートがディンプル加工に
カラーリングは、《ディープパープリッシュブルーメタリックC》《シルバー3》《ダークグレイッシュパープルメタリック》で、ブルーメタリックではストロボカラーに近いグラフィックが採用されています。
これら改良をしたXJR400Rをヤマハは「マン・マシン・コミュニケーション」と謳っています。人馬一体、ライダーの操縦と感性にリニアに応えるバイクを目指して造りあげたということです。
つまりヤマハが「空冷最速ネイキッド」を目指したバイクでもあり、普通二輪のエントリーモデルとして、安心して乗れ、またスポーツ走行もできるモデルとして、堅実なバイク作りが受け入れられています。

解説記事更新日：2021年10月08日