ネイキッドモデルの人気が高まっていた1990年代前半にヤマハはリッタークラスのマシンを展開。それが、1994年に発売された「XJR1200」である。当時は国内ネイキッドの最大排気量モデルとして、ライバルとして既に登場していた「ゼファー1100」や「CB1000SF」を出し抜いたマシンである。
その正常進化形として排気量を拡大したマシンが1998年3月に登場した本モデル4KG型「XJR1300」である。
車体はダブルクレードル型フレームにDOHC4バルブの空冷4ストローク直列4気筒エンジンをマウント。ボア・ストロークは、79.0mm×63.8mmで先代モデルの77.0mm×63.8mmからボアアップされたユニットとなる。排気量は1,188ccから1,250㏄まで拡大。
内部構造面では、ピストンが鋳造製から軽量高剛性の鍛造仕様へ変更。排気量アップで熱量が増加することを見込んで放熱性に優れたメッキシリンダーを新たに採用。エンジン本体の信頼性が高まっている。
デビューモデルの最高出力は、8,000回転で100馬力を発揮。ちなみに「XJR1200」最終仕様の1996年モデルは、8,000回転97馬力だった。トランスミッションは5速リターン式を採用する。
足回りには、フロントにテレスコピック式正立フォークを装備し17インチホイールとダブルディスクブレーキを組合せる。タイヤサイズは従来モデルの130mmからスリム化して120mm幅を装着。
リアはスイングアームにツインショックを組みあわせて、17インチホイールにシングルディスクブレーキをセット。タイヤサイズは10mmワイド化され180mmを採用した。
デザイン面では従来モデルのディテールを踏襲しつつ、ヘッドライトはマルチリフレクタータイプとすることで質感を高めている。また、サイドカバーやテールカウルは新設計で一部にアルミ合金素材を組み合わせることで高級感を演出。シート形状も変更されており乗り心地が向上した。
ライバルモデルとしては、ホンダから同月に「CB1300 スーパーフォア」がデビュー。
乾燥重量249kgの車体に100馬力の水冷4ストローク直列4気筒エンジンを搭載していた。ちなみに本モデルの乾燥重量は230kgと軽くハイスペックな仕様だった。
デビュー以降の「XJR1300」は、仕様変更とカラーチェンジを実施しながら2015年モデルまで展開されて生産終了に至った。

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解説記事更新日：2022年06月15日

1998年式のXJR1300は、XJR1200からフルモデルチェンジした最初のモデルです。排気量アップ以外の変更点は、
・メッキシリンダー採用
・鍛造ピストン採用
・タイヤサイズ変更（前後17インチは同一、フロント130→120、リア170→180）
・シート形状変更
・新作サイドカバー・テールカウル・テールレンズの採用
・新型メーター採用
などです。フロントのブレンボキャリパー、リアサスオーリンズには変更ありません。
外観上の最も大きな変化はエンジンが黒からシルバーになったことで、そのため1200よりやや大柄に見えます。
カラーリングは、《シルバーメタリック》《グレーメタリック》《ブラック》《ホワイト》の4色です。
大柄な車体でいながら中型の操作性というのがXJRのメリット、美点だと言えるでしょう。

解説記事更新日：2021年10月08日

1999年式のXJR1300は、前年モデルからカラーリングが変更されています。
カラーリングは、《シルバーメタリック》《ブラック》ミヤビマルーン（茶）》《ブルーメタリック》の4色です。
このモデルチェンジで、XJRは空冷エンジンとして国産最大の排気量を持つこととなりました。
もともとヤマハのバイクは、750ならGX、XJ、FZ、中型ならXJ4000やRZ250と、スリム＆スタイリッシュでコーナーリングが軽快なタイプが多く、このXJRもその伝統を引きついていると言えます。

解説記事更新日：2021年10月08日

2000年式のXJR1300は、車体の各部200ヶ所！に至る様々な変更・改良がされたうえ、8kgの軽量化が行われて第2世代となりました。
改良は、
・好レスポンスを生む軽量BSRキャブレター採用
・超軽量新作ホイール採用
・ブレンボからヤマハ製MOS（モノブロック）キャリパーへ変更
・フロントディスクローターを320mmから297mmに小径化
・車体各部軽量設計による８kgの重量低減
・足つき性と乗り心地を改善した新TPワイラックスシートの採用
・排ガス浄化システム「エア・インダクション・システム」を採用
カラーリングは、《シルバー1》《ブルーイッシュホワイトカクテル1》《ディープパープリッシュブルーメタリックC》の3色で、ブルーにはタンク下部にストロボカラーのグラフィックが採用されています。
ホイールは軽くなりましたが、見た目は3本スポークで、ほとんど変化はありません。従来モデルのイメージをきっちり継承したままのモデルチェンジだと言えるでしょう。

解説記事更新日：2021年10月08日

2001年式のXJR1300は、タンクのエンブレムが立体化する変更が行われています。
ただしカラーリングが《ブラック2》と《シルバー3》のみで、《ディープパープリッシュブルーメタリック》のストロボカラーのタンクは従来のままです。
またホワイトカラー《ブルーイッシュホワイトカクテル1》が復活し、この車体色のモデルのみ、黒塗りエンジンとゴールドホイールを採用しています。
2001年は、大型二輪免許取得が容易になって数年経ったころです。大型免許を取ったほとんどのライダーが最大排気量クラスを選ぶ傾向にあり、その結果、各メーカーとも力を入れ始めた頃でもあります。
XJRも、従来のヤマハファン、そして新しくライダーになった世代にアピールすべく、改良を重ねてきた時代です。

解説記事更新日：2021年10月08日

2002年式のXJR1300は、カラーリングが変更されています。
ヤマハ伝統のブロックパターンを採用した《ディープパープリッシュメタリックＣ》と《ブルーイッシュシルバー４》、単色のシルバー３の3色設定です。
XJR1300も発売後5年目となり、空冷エンジン+キャブレターはライバルと比べて遅れているようでいながら、メカニカルな故障が少ないとかえって高い信頼性を得ています。オーリンズ（オーバーホールが出来ないヤマリンズですが）のサスも高評価です。

解説記事更新日：2021年10月08日

2003年式のXJR1300は、吸排気系を中心に変更を受けています。
・平成13（2001）年騒音規制に対応した大容量サイレンサー採用
・それに合わせたキャブレターセッティングに変更
・FZS1000と同型の軽量前後ホイール採用（2kg軽量）
・盗難抑止装置イモビライザー（俗にいう赤キー）標準装備
・メーターデザイン変更
・ディンプル加工シート採用
などです。
カラーリングでは、ヤマハカラーとも言えるブロックパターンの《レディッシュイエローカクテル1》が追加されています。他には《ディープパープリッシュメタリックＣ》、単色のシルバー３の3色設定です。

解説記事更新日：2021年10月08日

2004年式のXJR1300は、カラーリング（計3色）が変更されています。
・ディープパープリッシュブルーメタリックC（ブルー地にシルバーとブラックのパターンカラー）
・ビビッドレッドカクテル1（レッド地にシルバーとブラックのパターンカラー）
・シルバー3（1980年代のXJシリーズに似たグラフィック）
パターンカラーの2色はエンジンもブラック塗装、シルバーカラーは塗装なしのエンジンです。
XJR1300の美点は、乗りやすい、曲がりやすい空冷エンジン+キャブレターだから信頼性が高い、空冷エンジンであるところで、長年のヤマハファンから初心者まで幅広く受け入れられています。

解説記事更新日：2021年10月08日

2005年式のXJR1300は、カラーリングが変更されています。
・ディープパープリッシュブルーメタリックC（ブルー地にシルバーとブラックのパターンカラー）：前後ホイールはブラックをベースにリム部にホワイトのピンストライプ
・ダークブルーイッシュグレーメタリック8（単色）
・シルバー3（1980年代のXJシリーズに似たグラフィック）
ブルーはヤマハ伝統のパターンカラーで、グレーは重量車らしい重みのあるカラーリングとなっています。
また200台限定で、【ヤマハ発動機創業50周年の記念特別仕様モデル「XJR1300 50th Anniversary Special Edition」】が発売されています。
これは1977年設立のヤマハモーターコーポレーションUSAの前身、YIC（ヤマハインターナショナル社）のイメージカラーが再現されており、イエローの専用車体色とホワイト＆ブラックのストロボパターンが鮮やかです。
かつて1970年代、キングことケニー・ロバーツがYZR500で数々の戦績を残した時代を彷彿とさせます。
さらには記念エンブレム、イエローピンストライプ付きホイール、ゴールドアルマイト仕上げの前後キャリパーなどが採用されています。

解説記事更新日：2021年10月08日

2006年式のXJR1300は、マフラーをはじめとした大幅な改良がされています。
・・O2センサーと触媒入りの4-2-1マフラーを搭載し、排ガス規制をクリア
・吸気系をキャブレターからインジェクションに変更
・新開発のメインフレームで剛性アップ
・トルク10％アップ
・足付きを考慮した新作シート、ポジション採用
・サイドカバー変更
・LEDテールライト、クリアウインカーレンズ採用
カラーリングは、《ダークブルーイッシュグレーメタリック８》《ディープパープリッシュブルーメタリックＣ》の2色です。
新フレーム採用によって、XJRの広告にある「マン・マシンの一体化」は熟成され、人車一体感、きびきびとしたハンドリングはさらに進化しました。

解説記事更新日：2021年10月08日

2006年11月発売の2007年モデル XJR1300は、マフラーをはじめとした大幅な改良がされています。
最大の変更は、キャブレターからインジェクションに変更されたことです。インジェクションは「ドンつき」といって、アクセル操作から一瞬遅れてパワーが出ることがありますが、XJRの場合はそういうことはなく、中低速トルクが太くなり低速から扱いやすくなっています。
マフラーは、排ガス＆騒音規制のため1本出しになっています。車重に変化はありませんが、左から見るとスリムになったように感じるでしょう。
さらにはオーリンズサス、すっきりしたリア周りなど、モデルチェンジによって一段と洗練されたネイキッドバイクとなりました。

解説記事更新日：2021年10月08日

2008年モデルと2009年モデルのXJR1300は、それぞれカラーリングの変更を受けています。
《ディープレッドメタリックＫ》が追加され、既存の《ダークパープリッシュブルーメタリックＬ》のパターンカラー、《ダークグレーメタリックＢ》と合わせて３色となりました。
また、各種パーツのブラック化とピンストライプ入りホイール採用が採用されています。
ブラック化はかなり徹底して行われており、エンジンをはじめフロントフォークボトムケース、トップブリッジ、スイングアーム、リアトルクロッドなどにも及びます。
ただしダークグレーメタリックの場合、エンジンやスイングアーム等はブラック塗装ではなくシルバーです。

解説記事更新日：2021年10月08日

2011年年式のXJR1300は、カラーリングの変更を受けています。
《ブラックメタリックＸ》と《ブルーイッシュホワイトカクテル１》の2色です。
ブラックメタリックXでは、タンクのグラフィックが新しいデザインとなっています。
ブルーイッシュホワイトカクテル１でも、燃料タンクにYAMAHAロゴ（音叉マーク）のニューグラフィックとなっています。
ブラックのグラフィックはうねるようなデザインで、前が太く後端が細いタンクの形を強調するようにも見え、エンジンからタンク周囲のボリュームがアップした印象を受けます。一方のホワイトは単色のシンプルなデザインで、70年代のバイクに近い外見です。

解説記事更新日：2021年10月08日