ネイキッドモデルの人気が高まっていた1990年代前半にヤマハはリッタークラスのマシンを展開。それが、1994年に発売された「XJR1200」である。当時は国内ネイキッドの最大排気量モデルとして、ライバルとして既に登場していた「ゼファー1100」や「CB1000SF」を出し抜いたマシンである。
その正常進化形として排気量を拡大したマシンが1998年3月に登場した本モデル4KG型「XJR1300」である。
車体はダブルクレードル型フレームにDOHC4バルブの空冷4ストローク直列4気筒エンジンをマウント。ボア・ストロークは、79.0mm×63.8mmで先代モデルの77.0mm×63.8mmからボアアップされたユニットとなる。排気量は1,188ccから1,250㏄まで拡大。
内部構造面では、ピストンが鋳造製から軽量高剛性の鍛造仕様へ変更。排気量アップで熱量が増加することを見込んで放熱性に優れたメッキシリンダーを新たに採用。エンジン本体の信頼性が高まっている。
デビューモデルの最高出力は、8,000回転で100馬力を発揮。ちなみに「XJR1200」最終仕様の1996年モデルは、8,000回転97馬力だった。トランスミッションは5速リターン式を採用する。
足回りには、フロントにテレスコピック式正立フォークを装備し17インチホイールとダブルディスクブレーキを組合せる。タイヤサイズは従来モデルの130mmからスリム化して120mm幅を装着。
リアはスイングアームにツインショックを組みあわせて、17インチホイールにシングルディスクブレーキをセット。タイヤサイズは10mmワイド化され180mmを採用した。
デザイン面では従来モデルのディテールを踏襲しつつ、ヘッドライトはマルチリフレクタータイプとすることで質感を高めている。また、サイドカバーやテールカウルは新設計で一部にアルミ合金素材を組み合わせることで高級感を演出。シート形状も変更されており乗り心地が向上した。
ライバルモデルとしては、ホンダから同月に「CB1300 スーパーフォア」がデビュー。
乾燥重量249kgの車体に100馬力の水冷4ストローク直列4気筒エンジンを搭載していた。ちなみに本モデルの乾燥重量は230kgと軽くハイスペックな仕様だった。
デビュー以降の「XJR1300」は、仕様変更とカラーチェンジを実施しながら2015年モデルまで展開されて生産終了に至った。

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解説記事更新日：2022年06月15日

1998年式のXJR1300は、XJR1200からフルモデルチェンジした最初のモデルです。排気量アップ以外の変更点は、
・メッキシリンダー採用
・鍛造ピストン採用
・タイヤサイズ変更（前後17インチは同一、フロント130→120、リア170→180）
・シート形状変更
・新作サイドカバー・テールカウル・テールレンズの採用
・新型メーター採用
などです。フロントのブレンボキャリパー、リアサスオーリンズには変更ありません。
外観上の最も大きな変化はエンジンが黒からシルバーになったことで、そのため1200よりやや大柄に見えます。
カラーリングは、《シルバーメタリック》《グレーメタリック》《ブラック》《ホワイト》の4色です。
大柄な車体でいながら中型の操作性というのがXJRのメリット、美点だと言えるでしょう。

解説記事更新日：2021年10月08日

1999年式のXJR1300は、前年モデルからカラーリングが変更されています。
カラーリングは、《シルバーメタリック》《ブラック》ミヤビマルーン（茶）》《ブルーメタリック》の4色です。
このモデルチェンジで、XJRは空冷エンジンとして国産最大の排気量を持つこととなりました。
もともとヤマハのバイクは、750ならGX、XJ、FZ、中型ならXJ4000やRZ250と、スリム＆スタイリッシュでコーナーリングが軽快なタイプが多く、このXJRもその伝統を引きついていると言えます。

解説記事更新日：2021年10月08日

2000年式のXJR1300は、車体の各部200ヶ所！に至る様々な変更・改良がされたうえ、8kgの軽量化が行われて第2世代となりました。
改良は、
・好レスポンスを生む軽量BSRキャブレター採用
・超軽量新作ホイール採用
・ブレンボからヤマハ製MOS（モノブロック）キャリパーへ変更
・フロントディスクローターを320mmから297mmに小径化
・車体各部軽量設計による８kgの重量低減
・足つき性と乗り心地を改善した新TPワイラックスシートの採用
・排ガス浄化システム「エア・インダクション・システム」を採用
カラーリングは、《シルバー1》《ブルーイッシュホワイトカクテル1》《ディープパープリッシュブルーメタリックC》の3色で、ブルーにはタンク下部にストロボカラーのグラフィックが採用されています。
ホイールは軽くなりましたが、見た目は3本スポークで、ほとんど変化はありません。従来モデルのイメージをきっちり継承したままのモデルチェンジだと言えるでしょう。

解説記事更新日：2021年10月08日

2001年式のXJR1300は、タンクのエンブレムが立体化する変更が行われています。
ただしカラーリングが《ブラック2》と《シルバー3》のみで、《ディープパープリッシュブルーメタリック》のストロボカラーのタンクは従来のままです。
またホワイトカラー《ブルーイッシュホワイトカクテル1》が復活し、この車体色のモデルのみ、黒塗りエンジンとゴールドホイールを採用しています。
2001年は、大型二輪免許取得が容易になって数年経ったころです。大型免許を取ったほとんどのライダーが最大排気量クラスを選ぶ傾向にあり、その結果、各メーカーとも力を入れ始めた頃でもあります。
XJRも、従来のヤマハファン、そして新しくライダーになった世代にアピールすべく、改良を重ねてきた時代です。

解説記事更新日：2021年10月08日

2002年式のXJR1300は、カラーリングが変更されています。
ヤマハ伝統のブロックパターンを採用した《ディープパープリッシュメタリックＣ》と《ブルーイッシュシルバー４》、単色のシルバー３の3色設定です。
XJR1300も発売後5年目となり、空冷エンジン+キャブレターはライバルと比べて遅れているようでいながら、メカニカルな故障が少ないとかえって高い信頼性を得ています。オーリンズ（オーバーホールが出来ないヤマリンズですが）のサスも高評価です。

解説記事更新日：2021年10月08日

2003年式のXJR1300は、吸排気系を中心に変更を受けています。
・平成13（2001）年騒音規制に対応した大容量サイレンサー採用
・それに合わせたキャブレターセッティングに変更
・FZS1000と同型の軽量前後ホイール採用（2kg軽量）
・盗難抑止装置イモビライザー（俗にいう赤キー）標準装備
・メーターデザイン変更
・ディンプル加工シート採用
などです。
カラーリングでは、ヤマハカラーとも言えるブロックパターンの《レディッシュイエローカクテル1》が追加されています。他には《ディープパープリッシュメタリックＣ》、単色のシルバー３の3色設定です。

解説記事更新日：2021年10月08日